La Chiesa del Monastero fino al 1823 era intitolata a Santa Maria del Carmine, non si spiegherebbe diversamente la presenza nella chiesa della magnifica statua della Madonna del Carmelo realizzata dal grande artista campobassano Paolo Saverio di Zinno nel 1700. Questa denominazione è sicuramente quella originaria, c'era ancor prima che la chiesa e l'intero monastero venisse ricostruito ad opera del Marchese Bartolomeo Rota con l'assenso del Vescovo Andrea Tria (storico di riferimento per queste notizie). La denominazione venne mantenuta anche quando, dopo la ricostruzione, il Marchese la affidò ai Reverendi Frati Minori Osservanti di San Francescoo. Denominazione che mutò nel 1823 quando, dopo un periodo di abbandono, per l'intervento di Suor Donna Rachele de Simone ed altre sette monache, fu creato, per decreto, il Conservatorio delle Orfane ed il Vescovo del tempo, Lupoli, ne cambiò l'intitolazione a favore di Sant'Alfonso Maria dei Liguori (che Lupoli aveva conosciuto da adolescente). Le monache furono chiamate "Redentoriste" in ossequio all'ordine del SS Redentore voluto proprio da S. Alfonso o "Liguorine".

L'interno della chiesa è impeziosito dalle opere dei migliori artisti molisani e napoletani del tempo. Appena si entra in chiesa si resta colpiti dalla presenza dell'organo, realizzato dal maeatro organaro d'Onofrio di Caccavone.
Troviamo quattro cappelle per lato, le due più interne a sinistra sono dedicate all'Immacolata Concezione e a Santa Maria del Carmelo e le rispettive statue lignee sono opera dall'artista campobassano Paolo Saverio di Zinno (proprio quello dei Misteri di Campobasso). La chesa ed il Monastero, originariamente erano sotto il Titolo di Santa Maria del Carmine.
Nell'abside troviamo il coro ligneo, a due ordini di stalli, con scene del Vecchio Testamento, ottenute con la tecnica dell'intarsio e realizzare da un Maestro francescano.
In evidenza, ai due lati della navata centrale, vi sono le Stazioni della Via Crucis realizzate dall'artista Paolo Gamba di Ripabottoni. Il Vescovo Tria, scoperto il talento del giovane artista, lo inviò alla scuola napoletana per il perfezionamento.
Al soffitto ci sono due degli originari tre affreschi realizzati da Placido Flaxis di Napoli. Al centro vi è San Michele (al posto, originariamente, previsto per San Francesco) a all'ingresso l'Incoronata (penso modificata in Assunzione). Il Flaxsis realizzò la gran parte delle altre pitture della chiesa e fece l'indoratura (oggi non più visibile) degli archi, dei capitelli e delle cappelle.
La cappella di Sant'Antonio, seconda della navata destra, fu realizzata sempre nel 1750 per devozione del Magnifico Crescenzo Campanelli, bisnonno del più famoso Don Romolo (quello di Santa Maria di Loreto e del Largo omonimo).